Церковь Сан-Дзаккария построена двумя архитекторами в разных стилях: позднеготические стрельчатые аркады оканчиваются ренессансными арками, свод и капители колонн выполнены в византийской манере; опущенные в землю плиты саркофагов - ломбардская работа.
Алессандро Витториа создал статую небесного покровителя церкви на фасаде, «Иоанна Крестителя» у чаши со святой водой при входе, также спроектировал второй алтарь с мощами Святого Захарии и дарохранительницу у главного алтаря.
Сам Виттория похоронен в левом крае галереи хора.
Второй левый боковой алтарь украшен работой Джованни Беллини «Мадонна со святыми». В капелле Атаназио алтарь работы Витториа украшен картиной Тинторетто «Рождение Иоанна Крестителя».
Капелла Таразио примыкает к церкви, от нее сохранились фрагменты фресок, пола и три готических алтаря, созданные Людовико да Форли. Антонио Виварини, Стефано Плебанус и Джованни д'Алеманье написали три картины монументального среднего алтаря. Лестница ведет в крипту.
К церкви относится и бывший монастырь. Долгое время церковь пользовалась покровительством дожей, так как монахини Бенедиктинского ордена отдали часть своей земли для расширения площади Сан-Марко.
